为深入贯彻落实《全民科学素质行动计划纲要（2006-2010-2020）》，提高农民科学素质，中国科协和财政部于2006年启动实施科普惠农兴村计划，这是国家首次通过中央财政转移支付设立的科普专项。2011年6月，国务院办公厅发布《全民科学素质行动计划纲要实施方案（2011-2015年）》，在重点任务中增加了实施社区居民科学素质行动。2012年4月，中国科协、财政部联合启动实施社区科普益民计划，并将其与科普惠农兴村计划整合为基层科普行动计划。

2017年，为贯彻落实《国务院关于改革和完善中央对地方转移支付制度的意见》，基层科普行动计划由中央财政专项转移支付调整为一般性转移支付，由各省科协和财政部门紧密结合各地实际，继承丰富内涵，创新工作抓手，实施具有各地特色的基层科普行动计划，为现代基层科普服务体系建设与发展注入新动能。基层科普行动计划在成功实施11年后，站在新的起点，开启新的奋斗征程。